第2章 荒れた地の死闘

フローチャート 　　01.　ガードハウンドを撃退しよう 　　02.　車の上に移動して再びガードハウンドと戦闘 　　03.　エッジへ向かおう 　　04.　クリムゾンハウンドと戦闘 　　05.　撃破後、『カードキー』を入手 　　07.　道なりに進んで行く 　　08.　エアホース隊と戦闘

第3章 エッジ、静寂に抱かれ

フローチャート 　　01.　生存者を探そう 　　02.　WRO隊員と会話後、『カードキー』を入手 　　03.　ヒドラ、スナイプスコープを入手 　　04.　少年を救出 　　05.　少年を守りながら進もう 　　06.　敵を倒し、『カードキー』を入手 　　07.　倉庫を目指して道なりに進んで行く 　　08.　ヘビーマウントソルジャーと戦闘

第4章 WRO強襲される

フローチャート 　　01.　WRO隊員を救出しよう 　　02.　敵を倒し、『カードキー』を入手しながら進んで行く 　　03.　最上階から司令室へ 　　04.　敵を倒し、『カードキー』を入手しながら進んで行く 　　05.　無式のシェルクと戦闘 　　06.　イベント 　　07.　蒼きアスールと戦闘

第5章 悲しみの神羅屋敷

フローチャート 　　01.　サハギンを殲滅しよう 　　02.　敵を倒し、『カードキー』を入手しながら進んで行く 　　03.　道なりに進んで行く 　　04.　エレベーターで上へ 　　05.　先へ進んで行くとイベント 　　06.　ケット・シーに切り替わる 　　07.　敵に見つからないように注意しながら進む 　　08.　奥まで進んで行くとイベント 　　09.　ヴィンセントに切り替わる 　　10.　オメガレポートを回収しよう 　　11.　道なりに進んで行く 　　12.　地雷を除去しよう（4箇所） 　　13.　道なりに進んで行く 　　14.　イベント 　　15.　ブラック・ウィドーと戦闘

第6章 ディープグラウンドの逆襲

フローチャート 　　01.　敵を倒し、『カードキー』を入手 　　02.　WRO隊員を救出しよう 　　03.　機関銃でヘリ部隊を撃墜しよう 　　04.　敵を倒し、『カードキー』を入手しながら進んでいく 　　05.　道なりに進んで行く 　　06.　ブラック・ウィドーIIと戦闘

第7章 飛空艦、その名はシエラ号

フローチャート 　　01.　ユフィと会話 　　02.　シェルクと会話 　　03.　リーブと会話 　　04.　作戦会議 　　05.　シドと会話 　　06.　ユフィと会話 　　07.　シェルクと会話 　　08.　リーブと会話 　　09.　ケット・シーと会話 　　10.　イベント

第8章 ミッドガル総攻撃開始

フローチャート 　　01.　WRO隊員と共に中央塔を目指そう 　　02.　道なりに進んで行く 　　03.　残存WRO隊員を救出しよう 　　04.　DGS トルーパー1stと戦闘 　　05.　道なりに進んで行く 　　06.　シュライク部隊と戦闘

第8章 激戦、中央螺旋の塔

フローチャート 　　01.　敵を倒し、『カードキー』を入手 　　02.　道なりに進んで行く 　　03.　浮遊機雷を避けて先へ進む 　　04.　WRO隊員を援護しよう 　　05.　道なりに進んで行く 　　06.　敵を倒し、『カードキー』を入手 　　07.　警備ロボットを倒そう 　　08.　道なりに進んで行く 　　09.　朱のロッソと戦闘

第9章 栄枯盛衰、神羅ビル

フローチャート 　　01.　道なりに進んで行こう 　　02.　ブラック・ウィドーTWと戦闘 　　03.　先へ進む 　　04.　ディープグラウンドに関する資料を探そう 　　05.　先へ進んで行くとイベント 　　06.　エレベーターに乗り、監視機雷を倒していこう 　　07.　先へ進んで行くとイベント 　　08.　エレベーターで降りていく 　　09.　道なりに進んで行く 　　10.　蒼きアスール イークイップ2と戦闘 　　11.　真・アスールと戦闘

第10章 深き神羅の闇

フローチャート 　　01.　道なりに進んで行こう 　　02.　迫撃部隊を撃退 　　03.　先へ進む 　　04.　敵を素早く殲滅しよう 　　05.　先へ進んで行くとイベント 　　06.　漆黒の闇ネロと戦闘

第11章 始まりの魔晄炉

フローチャート 　　01.　道なりに進んで行こう 　　02.　ガーゴイルを撃退 　　03.　先へ進む 　　04.　敵を倒し、『カードキー』を入手（F5） 　　05.　ガーゴイルを撃退 　　06.　先へ進む 　　07.　中央の敵を殲滅 　　08.　先へ進む 　　09.　ガーゴイルを撃退 　　10.　敵を倒し、『カードキー』を入手×2（E6） 　　11.　先へ進む 　　12.　敵を倒し、『カードキー』を入手（A7） 　　13.　ドラゴンフライヤーPTと戦闘 　　14.　先へ進む 　　15.　イベント 　　16.　ネロ・ラフレアと戦闘 　　17.　ネロ・ウィングシューターと戦闘 　　18.　ユフィと会話 　　19.　先へ進むとイベント 　　20.　純白の帝王ヴァイスと戦闘 　　21.　オメガの力宿りしヴァイスと戦闘

最終章 オメガとカオス

フローチャート 　　01.　道なりに進んで行こう 　　02.　イベント 　　03.　先へ進む 　　04.　イベント 　　05.　先へ進む 　　06.　イベント 　　07.　敵を殲滅 　　08.　イベント 　　09.　先へ進む 　　10.　イベント 　　11.　先へ進む 　　12.　イベント

最終章 混沌なる終わりに光あれ

フローチャート 　　01.　クリスタルフィーラーと戦闘 　　02.　オメガコクーンと戦闘 　　03.　オメガヴァイスと戦闘 　　04.　エンディング